メールが消える？原因と対策を調べた情報です。（以下Naverから引用）

メアドサーバーは、ヤフー/Yahooメール、Gmail、hotmail、の公式見解と具体的な対処法も掲載。送信できた（エラー返信無し）のに、受信フォルダにも、迷惑フォルダ、ゴミ箱、にもどこにも無い？？？不達の理由と対処です。
メール不達があった場合、下記を参考に設定をご確認下さい。

▲メール消滅の原因

「特定電子メール法改定」により「悪質迷惑メールと判別されたメールは勝手に消滅」

• メールが消えるまでの経緯
• 1．メールが届くまでの間に、サーバー、プロダイバー、等複数の「検問・検閲」がある
• 2．不特定多数が「迷惑メール」ボタンを押すメールの共通点を学習して統計学的に判別
• 3．迷惑メールが世の中に氾濫しすぎて「検問・検閲」が厳しくなってきた
• 4．「検問・検閲」はプログラミングによる「自動判別」により判断される
• 5．迷惑メールフォルダ「にすら」入ってないメール未達、消滅は受け取りサーバーに届いてない
• 6．迷惑メールフォルダに入るものは、受け取りサーバーまで届いてからの自動判別
• 7．「迷惑メール自動判別」は歴史が浅い為、精度の問題で新規メールの1％程が未達となる
• 8．迷惑メール送信業者も対策を練る為、いたちごっこになり「誤判定は無くならない」
• 9．無料メールサービスは、特に判定が厳しい傾向にある

フリーメールは、内部のシステムにおいて、強力な「迷惑メール予測」判定をしており、その判定が「とても怪しい」と判断した場合、迷惑メールフォルダにもゴミ箱行きにもならず、「いきなり消滅」させるプログラミングを組んでいる事がわかっています。

Yahoo!メール - 届くはずのメールが届いてない場合

下記項目を確認して下さい。

1．受信拒否リストを確認

2．［迷惑メール］フォルダーを確認

3．なりすましメール拒否機能を確認

4．自動転送機能を解除

5．メールボックスの保存容量を確認

6．[受信箱]以外のフォルダーを確認

7．メールソフトの設定を確認

8．送信者がToに入力した宛先を確認

Gmail - メールが届かない場合

自動迷惑メール フィルタや個別のフィルタを設定してあると、メールが受信トレイをスキップし、[すべてのメール]、[迷惑メール]、または [ゴミ箱] ラベルが適用されることがあります。
次の設定を確認してください。

[設定] の [フィルタ] タブで、メールを削除またはアーカイブするフィルタを探します。
[メール転送と POP/IMAP] タブで、これらのアクセスの選択のいずれかが有効になっているかどうかを確認し、メール処理に関する Gmail の動作を確認します。
[アカウントとインポート] タブで、返信アドレスが正しく設定されていることを確認し、[名前] のアドレスを確認します。

それでもメールが見つからない場合：
[迷惑メール] ラベルや [ゴミ箱] ラベルをチェックし、Gmail のすべてのメールを対象にして問題のメールを検索してください。

Hotmail - 受信トレイに届かない場合

受信トレイまたは他のフォルダーにあった電子メールが削除されていた場合、削除された電子メールを回復できることがあります。

[迷惑メール] フォルダーをチェックする

電子メール アドレスを差出人セーフ リストに追加する

迷惑メールの設定をチェックする

電子メールのフィルター処理ソフトウェアの設定をチェックする

お使いの Hotmail アカウントが有効であることを確認する

代表的な公式フリーメールサービス各社は、だいたい同じような原因の説明と対策指示をしているようです。
上記を参考に設定を確認して下さい。